两种解决思路：一、与税务部门沟通，确认是否需要补缴个人所得税，如果需要，则按照税务局的要求补缴；二、暂时不交，但是需要缴纳义务人出具承诺，承诺未来被税务部门追缴税收甚至征收滞纳金的，全部由缴纳义务人承担。如果以后证监会反馈的，再根据反馈的要求处理。如果没有反馈，则可不缴纳。证监会不是税务部门，没有权力补征税款。主要的法律风险在于公司的历次股权转让是否合法合规。因为税收法律法规是明确规定要先取得完税证明或者免征税、不交税证明后，才可以到工商部门办理股权变更登记。如果未依法纳税，律师通常也不会大包大揽直接出具历次股权转让均合法合规的意见的。

以零对价转让，税务局肯定是不认可的。即使是按照注册资本1:1转，税务局都不一定认可。目前税务局认可的做法是：按照净资产转让（但是房产、土地、知识产权、采矿权等占净资产20%以上的，还要求中介机构出具评估报告）

法律依据： 股权转让所得个人所得税管理办法（试行）
　 第十条 股权转让收入应当按照公平交易原则确定。
　　第十一条 符合下列情形之一的，主管税务机关可以核定股权转让收入:
　　（一）申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由的；
　　（二）未按照规定期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；
　　（三）转让方无法提供或拒不提供股权转让收入的有关资料；
　　（四）其他应核定股权转让收入的情形。
第十四条 主管税务机关应依次按照下列方法核定股权转让收入:
　　（一）净资产核定法
　　股权转让收入按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定。
　　被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的，主管税务机关可参照纳税人提供的具有法定资质的中介机构出具的资产评估报告核定股权转让收入。
　　6个月内再次发生股权转让且被投资企业净资产未发生重大变化的，主管税务机关可参照上一次股权转让时被投资企业的资产评估报告核定此次股权转让收入。
　　（二）类比法
　　1.参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入核定；
　　2.参照相同或类似条件下同类行业企业股权转让收入核定。
　　（三）其他合理方法
　　主管税务机关采用以上方法核定股权转让收入存在困难的，可以采取其他合理方法核定。

当然，也有例外情形：
　第十三条 符合下列条件之一的股权转让收入明显偏低，视为有正当理由：
　　（一）能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权；
　　（二）继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；
　　（三）相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让；
　　（四）股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。

补充一点，如果从律师的角度来看，是要和税务部门沟通的，该补缴的补缴，如果沟通的好，不需要补缴，则让税务部门出具一个证明，证明股权转让已经依法纳税。