从理论上说，增资并购是资本与货币的合作，而合并并购却是资本与资本的合作，因此，合并并购要比增资并购复杂得多。从实践中看，合并并购谈判的核心问题就是公司合并后，参与合并的各公司股东在合并后的公司中各占有多少股权比例，以及参加合并的各公司股东股权的作价额。
比如甲乙两个公司进行合并，甲公司的注册资本额为 1000 万元，经双方在披露调查的基础上协商确定该公司股东的全部股份作价 1500 万元；乙公司注册资本额为 500 万元，经双方在披露调查的基础上协商确定该公司股东的全部股权作价 600 万元。双方股东投入合并后公司的权益总额为 2100 万元，其中甲公司股东投入 1500 万元，应占合并后公司的股份比例为 71.4%；乙公司的股东投入 600 万元，应占合并后公司的股份比例为 28.6%。公司的注册资本则为合并前两公司注册资本之和即 1500 万元。如果这个股份比例不符合双方事先商定的合并后公司的股份比例，可以通过找差价的方法解决。

比如在上例中参加合并的各方股东商定合并后的股权比例为甲公司占 2/3，乙公司占 1/3，这样合并后公司的总权益额为 2100 万元，甲公司的股东应投入 1400 万元，实际收入 1500 万元，多投入 100 万元；乙公司的股东应投入 700 万元，实际投入 600 万元，少投入 100 万元，乙公司的股东向甲公司的股东找差 100 万元。

从上述讨论可见，合并并购谈判的核心问题就是参加合并的各公司股东所拥有的权益的作价，至于说参加合并的各公司每位股东在合并后公司中持有的股份比例，则只要确定了其公司股东权益的价格，就能根据其持股比例很容易地计算出来。因此，在合并并购谈判过程中，投资公司应当根据披露调查阶段所获得的信息，与目标公司股东协商确定参加合并的各公司股东股权的价格，并将其载明在合并协议之中。

下面我们根据合并并购的特点对有关问题讨论如下：

一、关于尽职调查

在受让股权并购的情况下，原则上只需要投资公司对目标公司进行调查，目标公司股东向投资公司进行披露；但是在合并并购的情况下，不管你是投资公司还是目标公司，只要参加合并就需要向其他参加方进行披露并接受其他合并方的调查。

二、关于监管期间

在受让股权并购的情况下，只有目标公司需要有一段监管期间，并且投资公司只享有监管权利，不接受目标公司的监管；而在合并并购的情况下，不论投资公司还是目标公司都需要一个监管期间，彼此都享有监管他人的权利，负有接受他人监管的义务。

三、关于计价基准日

在合并并购的情况下，由于要由参加合并的各公司的股东互相为各方持有的股权作价，因此，关于计价基准的概念适用于参加合并的各公司，并且参加合并的各公司必须使用一个计价基准日，如果要评估也应当使用一个评估基准日。

四、关于或然负债

在受让股权并购模式下，只有关于股权出让方因目标公司遭受或然负债对受让方赔偿的问题；但是在合并并购的情况下，参加合并的每一方既是购买方同时又是出让方，因此，参加合并的各公司股东都有可能因本公司的或然负债向其他方履行赔偿义务，也都有享有因参加合并的其他公司的或然负债要求他人履行赔偿义务的权利。

五、关于注册资本

注册资本是股东对公司的出资额，在公司设立后其意义仅在于核定股东责任的限额和根据资本充实原则在公司有亏损的情况下限制股东分配利润。因此，在公司合并时对参加合并的各公司注册资本的处理原则应当是，未经其他法定程序减资的只能简单相加。这样做的理由在于保持各公司注册资本不因公司合并而改变，保持股东责任数额不因公司合并而改变。另外需要提醒的是，在合并并购的情况下，参加合并的各公司应当将资产移交存续公司或者新设立的公司，但这不是被合并公司向合并公司出资，不受公司法关于公司出资方式的规制。
六、关于同地合并和异地合并问题

同地合并是指参加合并的各公司处于一个工商和税务辖区内，这种合并中参加合并的各公司的资产可以用一个企业平台进行运营，无法设立合并后公司的分支机构。从实务中看，除企业集团内部的整合外，采同地合并并购的项目较少，大多数合并并购发生在地处不同工商、税务辖区的企业之间。

异地合并是指参加合并的公司处于不同的工商、税务辖区的公司合并。这种合并需要合并后的公司在存续或者新设公司以外的参加合并公司的所在地设立分公司，以分公司运营被合并公司的资产。在异地合并的情况下，如果不设立分公司，就无法解决无照经营的问题。从实务中看，一般最好在合并协议签订后首先设立分公司，待合并实施后将合并资产移交给分公司运营，从而保证被解散公司生产经营的连续性。

以上是从实践中总结出的各种股权并购谈判的要点问题和疑难问题以及解决的方法，意在帮助实务者在谈判过程中抓住核心问题，解决焦点问题，确定权利义务关系。并购谈判应当在充分的披露调查的基础之上，以全面、真实的信息为前提。只有谈得好，有关合同协议才能起草得好。